水科院长期致力于水科技创新，取得了丰硕的科研成果，荣获国家级、省部级等多项重要奖励，在行业内具有较高的学术声誉和社会影响力。
项目名称：《北方缺水城市水资源高效利用与综合调控关键技术》，由本院作为主要参与单位完成，在水资源利用技术领域取得重大突破。
2022年项目名称：《城镇污水高效脱氮除磷与再生利用关键技术及应用》，院水环境研究所参与完成，成果在全国多个城市推广应用。
2019年《北京市地下水污染防控与修复技术体系研究及应用》，系统构建了适合北京地区的地下水污染防控技术体系。
2024年《永定河流域水生态修复关键技术研究与示范》，为永定河综合治理提供了系统性技术支撑。
2023年《北京市海绵城市建设标准体系与关键技术研究》，支撑了北京市海绵城市建设工作的全面推进。
2022年《北京市再生水安全利用技术研究》，系统研究了再生水灌溉、河道补水等安全利用关键技术。
2021年水利部授予
北京市政府授予，连续多届获此荣誉
北京市科学技术委员会授予
水利部批准设立，持续推广先进水利技术